四川大学华西第二医院源于1896年成立的仁济女医院，开设妇产科和儿科。1987年原卫生部批准华西妇产科和儿科从原华西医科大学附属医院迁出单独建院，成立华西医科大学附属第二医院，又名华西妇产儿童医院。2000年医院更名为“四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院”，是国家卫生计生委委属委管医院和全国首批“三级甲等”妇女儿童专科医院，是集医疗、教学、科研、预防保健和人才培养为一体的大学附属医院。1993年被国家卫生计生委、联合国儿童基金会和世界卫生组织授予“爱婴医院”称号，1998年被评为国家“三级甲等妇产儿童专科医院”，2003年被全国总工会授予“全国女职工先进集体”称号，2008年被全国总工会授予“抗震救灾，重建家园工人先锋号”旗帜，2009年被全国总工会授予“全国五一劳动奖状”，2012年获“全国三八红旗集体”称号。

医院现有编制床位730张，占地17亩，建筑面积5.9万平方米，医疗业务用房面积4.1万平方米，有17个临床科室和6个医技科室。妇产科学和儿科学均为国家重点学科，儿科学为国家精品课程，妇科、产科、儿科新生儿专业为国家临床重点专科建设项目。妇产科学、儿科学、母婴医学和应激生物学为博士学位授权点，妇产科学和儿科学为博士后流动站。医院拥有“出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室（四川大学）”，“早期发育与损伤的基础与临床嵌合研究”教育部长江学者创新团队。妇科恶性肿瘤诊治、小儿血液病及小儿肿瘤诊治、早产儿支气管肺发育不良防治体系的建设与完善为国家卫生计生委临床学科重点项目。全国救治农村儿童白血病、先天性心脏病区域协作中心、中国出生缺陷监测中心、全国妇幼卫生监测办公室、国家药物临床试验机构、国家卫生计生委住院医师规范化培训基地、国家卫生计生委妇科内镜诊疗技术培训基地、国家卫生计生委临床药师培训基地、国家卫生计生委产前诊断培训基地、国家卫生计生委先心病介入诊疗技术、四川省妇产科质量控制中心、四川省儿科质量控制中心、四川省妇幼检验质量控制中心、四川省产前诊断中心、四川省人类精子库、四川省NICU专科护士培训基地和四川省产科母婴护理专科护士培训基地等均设在我院。2008年医院西部妇幼医学研究院正式挂牌。医院承办《中华妇幼临床医学杂志》（电子版）（中国科技核心期刊）、《国际输血与血液学杂志》两本国家级杂志。

医院承担成都市、四川省乃至西南地区的妇女儿童危重疾病病人的救治、转诊、会诊等大量临床工作。2015年医院门、急诊病人203.4万人次，住院病人5.3万人次，手术3.9万人次，分娩1.2万人次，平均住院日为5.6天（低于国内同类医院平均水平）。医院开设十余种业余门诊、特需门诊、名老专家和知名专家门诊及专科专病的特色门诊，许多妇产科、儿科疾病的诊治水平已达到国内领先水平。

医院检验科是全国唯一一家同时通过ISO15189和美国病理学家协会认可的专科医院实验室，检测结果在全球47个国家互认。医院建设了完整的危重症监护体系，使危重病的抢救成功率达95%以上。产科中央监护网络系统、全程家庭胎儿监护系统等通过在医院或在家中对胎儿进行监护，确保孕妇和胎儿的安全，每年产科收治的孕妇中，约75%为高危孕妇。体外授精胚胎移植及其各项衍生技术在西南地区处于领先地位，每年完成各项治疗3000余周期，成功率接近40%，四川省首例试管婴儿即是在我院诞生。2000年小儿血液肿瘤科在西南地区率先开展小儿脐血干细胞移植治疗白血病，小儿白血病完全缓解率达95%以上，5年生存率达70%，达到国内先进水平，造血干细胞移植技术开展顺利。新生儿科是四川省新生儿危急重症救治和转诊中心，每年收治各类早产儿及危重新生儿超过3000例。小儿心血管科是首批在国内开展小儿先天性心脏病介入治疗单位之一，年均完成各类先天性心脏病介入手术500多例，在胎儿期心律失常和心力衰竭诊断和治疗方面居国内领先地位。我院拥有独立分设的儿童传染性疾病病房，在SARS、甲型H1N1流感、儿童手足口病等流行病的诊疗和防治中做出了突出贡献。

该院以中国出生缺陷监测中心/全国妇幼卫生监测办公室为核心，确立了以妇幼健康信息采集、加工、整理、利用和实现共享的发展重点，形成覆盖全国31个省（区、市）、334个监测区县、1.4亿人口、监测医院达783所的监测网络，在出生缺陷监测、遗传家系库建设等方面争取到了包括科技部973项目为代表的一大批重大科研项目。设在我院的四川省产前诊断中心除完成本院医疗保健任务外，还承担大量产前诊断与遗传病诊断会诊工作，基本涵盖了目前国内所能进行的产前诊断与遗传病诊断项目。

2015年全院获准科研项目93项，其中纵向课题53项，国家自然科学基金17项，到校科研经费3251.7万元。2015年全院共发表论文465篇，其中SCI论文146篇，中国出生缺陷监测中心通过大数据分析首次评估了中国5岁以下儿童死亡情况及发生率，提出了未来国家妇幼卫生决策的重点和方向，该成果在国际权威学术期刊《柳叶刀》杂志（IF=45.2）上发表。获专利43项。近5年获得的国家级及部省级科技成果有：国家科技进步二等奖1项（第二完成单位），高等学校科学研究优秀成果一等奖1项，四川省科技进步奖一等奖2项、二等奖1项、三等奖3项，中华医学科技奖二等奖2项，中华预防医学会科学技术奖二等奖1项。